当社は1925年９月に、江戸後期（天保年間）以降京都伏見の地で酒造業を営む四方合名会社を発展的に改組して設立されたものであります。その後同業他社を吸収合併し、あるいは工場の買収を行いつつ事業規模を拡大してまいりました。2002年４月には宝酒造株式会社、タカラバイオ株式会社を分割し、当社は持株会社に移行いたしました。以下の年譜は、2002年３月以前は旧寳酒造株式会社およびその企業集団の沿革であり、2002年４月以後は宝ホールディングス株式会社およびその企業集団の沿革であります。

1925年 9月

現京都市伏見区竹中町609番地に、酒類、酒精、清涼飲料水、医薬用品、調味料等の製造および販売を主たる目的として、寳酒造株式会社を設立。四方合名会社を吸収合併し、伏見、木崎（1938年３月東亜酒精興業株式会社へ譲渡）の二工場とする。

1929年 6月

大正製酒株式会社を吸収合併、王子工場（1964年５月松戸工場に統合）とする。

1947年 6月

大黒葡萄酒株式会社より白河工場（2003年３月廃止）を買収。

1947年 9月

日本酒精株式会社を吸収合併、木崎、楠、防府（1995年３月廃止）の三工場とする。

1949年 5月

東京、大阪、名古屋の各証券取引所開設に伴い株式上場。

1949年 7月

京都証券取引所に株式上場（その後札幌、新潟、広島、福岡の各証券取引所にも順次上場。）。

（上場廃止あるいは証券取引所の整理・統合に伴い）現在は東京証券取引所のみに上場。

1952年10月

政府より専売アルコール工場の払下げを受け、高鍋（現・黒壁蔵）、島原の二工場とする。

1952年11月

中央酒類株式会社を吸収合併、市川（1964年５月松戸工場に統合）、灘第一（1995年11月廃止)、鹿児島（1965年６月廃止）の三工場とする。

1954年12月

摂津酒造株式会社より灘第二工場（現・白壁蔵）を買収。

1957年 4月

木崎麦酒工場建設（1968年４月サッポロビール株式会社に譲渡）。

1959年10月

札幌工場（2003年３月廃止）建設。

1962年 3月

京都麦酒工場建設（1967年７月麒麟麦酒株式会社に譲渡）。

1964年 5月

市川・王子の両工場を統合し、松戸工場建設。

1964年10月

摂津酒造株式会社、本辰酒造株式会社を吸収合併、大阪（1973年３月廃止）、長野（現・長野蔵置場）の二工場とする。

1970年 9月

滋賀県大津市に中央研究所設置（2002年４月タカラバイオ株式会社へ承継、その後同社新社屋（草津市）へ本社機能を移転）。

1982年 7月

米国カリフォルニア州所在のNUMANO SAKE CO.（現・Takara Sake USA Inc.）の株式取得、米国本土での清酒製造を開始。

1985年11月

英国スコットランドにThe Tomatin Distillery Co.Ltdを設立。翌年２月、ウイスキーメーカーTomatin Distillers Plc.の資産を買収し、スコッチウイスキーの製造開始。

1991年 4月

米国バーボンウイスキーメーカーAge International,Inc.の100％持株会社であるAADC Holding Company,Inc.の株式の一部取得（その後残株式を取得、子会社に）。

1993年 8月

中国大連市に宝生物工程（大連）有限公司を設立。

1995年 8月

中国北京市に北京寛宝食品有限公司（現・宝酒造食品有限公司）を合弁により設立（その後出資持分を追加取得し子会社に）。

2002年 4月

物的分割の方法により酒類・食品・酒精事業およびバイオ事業を分割、それぞれ新設の宝酒造株式会社およびタカラバイオ株式会社が承継。自らは持株会社に移行して、商号を寳酒造株式会社から宝ホールディングス株式会社に変更。

2004年12月

タカラバイオ株式会社が東京証券取引所マザーズに株式上場。

2005年 9月

米国カリフォルニア州所在のClontech Laboratories，Inc.（現・Takara Bio USA, Inc.）の全株式をTakara Bio USA Holdings Inc.（米国）を通じて取得。

2010年 4月

仏国パリ市所在のFoodex SASの発行済株式の80％を宝酒造株式会社を通じて取得、傘下の子会社ともども連結子会社とする（2015年５月、残りの20％を取得）。

2013年 9月

英国ロンドン近郊所在のTazaki Foods Ltd.の100％持株会社であるT.Tazaki & Company Ltd.（英国）の全株式を、Takara Europe Holdings B.V.（2021年11月清算）を通じて取得。

2014年 3月

スペイン マドリード市所在のCominport Distribución, S.L.の全株式をFoodex SASを通じて取得。

2016年 3月

タカラバイオ株式会社が東京証券取引所マザーズ市場から同市場第一部へ市場変更。

2016年11月

米国カリフォルニア州所在の持分法適用関連会社であるMutual Trading Co.,Inc.の第三者割当増資を宝酒造株式会社が引き受けて発行済株式の51％を取得、傘下の子会社ともども連結子会社とする。

2017年 1月

豪州シドニー市所在のNippon Food Supplies Company Pty Ltdの第三者割当増資を宝酒造株式会社が引き受けて発行済株式の51％を取得（2022年９月、残株式を取得）。

2017年 1月

米国アナーバー市所在のRubicon Genomics, Inc.の全株式をTakara Bio USA Holdings Inc.を通じて取得（2017年３月、Takara Bio USA, Inc.に吸収合併）。

2017年 2月

米国フリーモント市所在のWaferGen Bio-systems, Inc.の全株式をTakara Bio USA Holdings Inc.を通じて取得（2017年５月、Takara Bio USA, Inc.に吸収合併）。

2017年 7月

宝酒造株式会社の海外事業を会社分割（新設分割）し、新設した宝酒造インターナショナル株式会社に承継。同時に宝酒造株式会社は同社から割当交付を受けた株式の全てを剰余金の配当として当社へ交付し、同社を当社の連結子会社とする。

2022年 4月

東京証券取引所の市場区分の見直しにより、当社およびタカラバイオ株式会社は、東京証券取引所の市場第一部からプライム市場に移行。

2024年11月

ドイツ ミュンヘン近郊所在のKagerer & Co. GmbHの出資持分の90％を、宝酒造インターナショナル株式会社を通じて取得。

2025年 1月

米国パロアルト市所在の空間トランスクリプトーム解析用試薬の開発を行うCurio Bioscience, Inc.の全株式をTakara Bio USA Holdings Inc.を通じて取得。