当社の前身（大和運輸株式会社）は1919年11月29日東京市京橋区において資本金10万円をもって創立されました。1929年２月増資手続として第二大和運輸株式会社を設立し、同社は、大和運輸株式会社を合併するとともに商号を大和運輸株式会社と改称し、資本金25万円で発足しました。

1919年11月

東京市京橋区において資本金10万円、車両数４台で創立。

1929年４月

東京－横浜間に定期便を開始（わが国最初の路線事業）。

1949年５月

東京証券取引所の再開とともに株式を上場。

1950年３月

通運事業を開始。

1951年１月

Ｃ.Ａ.Ｔ.（シヴィル・エア・トランスポート）航空と代理店契約を締結し、航空貨客の取扱を開始。

1952年１月

海上貨物取扱船積業務を開始。

1957年10月

大和商事株式会社（現ヤマトオートワークス株式会社）を設立。

1958年６月

美術品梱包輸送事業を開始。

1958年８月

日本航空株式会社と代理店契約を締結し、国内航空貨物の取扱を開始。

1960年２月

国際航空混載貨物の取扱を開始。

1966年４月

1973年１月

1976年１月

一般港湾運送事業の営業を開始。

コンピュータ部門を分離し、ヤマトシステム開発株式会社を設立。

小口貨物の宅配システム「宅急便」のサービスを開始。

1977年３月

極東リース株式会社（現ヤマトリース株式会社）を設立。

1980年３月

YAMATO TRANSPORT U.S.A., INC.（現米国ヤマト運輸株式会社）を設立。

1981年９月

当社株式が東京証券取引所の市場第一部に指定替え。

1982年10月

大和運輸株式会社からヤマト運輸株式会社に商号変更。

1986年７月

ヤマトコレクトサービス株式会社（ヤマトフィナンシャル株式会社）を設立。

1986年10月

オランダヤマト運輸株式会社（現欧州ヤマト運輸株式会社）を設立。

1988年７月

1996年12月

日本初の低温管理による宅配システム「クール宅急便」のサービスを開始。

宅急便の年末年始営業を開始。365日営業となる。

1997年３月

1997年11月

2002年１月

2003年４月

「クロネコメール便」の全国でのサービスを開始。

小笠原諸島へのサービス開始により、宅急便の全国ネットワークが完成。

ヤマト・スタッフ・サプライ株式会社を設立。

ロジスティクス事業の一部を分割し、ヤマトロジスティクス株式会社に統合。

海上フォワーディング事業、通関事業、美術品輸送事業および国際引越事業を分割し、ヤマトグローバルフレイト株式会社に統合。

四国ヤマト運輸株式会社をヤマト運輸株式会社に統合。

九州ヤマト運輸株式会社をヤマト運輸株式会社に統合。

2003年10月

自動車整備部門を分割し、ヤマトオートワークス株式会社に統合。

2004年10月

ヤマトロジスティクス株式会社とヤマトパーセルサービス株式会社を吸収合併によりヤマトグローバルフレイト株式会社に統合し、同社をヤマトロジスティクス株式会社に商号変更。

2004年11月

グループ会社の経理・会計業務や人事業務を受託するヤマトマネージメントサービス株式会社を設立。

2005年４月

ファインクレジット株式会社（現ヤマトクレジットファイナンス株式会社）に経営参画。

2005年11月

純粋持株会社への移行に伴い、ヤマト運輸株式会社からヤマトホールディングス株式会社に商号変更。デリバリー事業などをヤマト運輸分割準備株式会社（現ヤマト運輸株式会社）に承継。

2008年４月

ヤマト運輸株式会社のエキスプレス事業を分割し、ヤマトグローバルエキスプレス株式会社に統合。

2008年８月

ヤマトロジスティクス株式会社を、ロジスティクス事業等を行うヤマトロジスティクス株式会社、国際物流サービス事業等を行うヤマトグローバルロジスティクスジャパン株式会社に分割。

2013年９月

総合物流ターミナル「羽田クロノゲート」を竣工。

2015年３月

「クロネコメール便」のサービスを廃止。

2015年４月

「宅急便コンパクト」「ネコポス」および新たな投函サービス「クロネコＤＭ便」のサービスを開始。

2016年７月

フランスのネオポストグループとの合弁会社Packcity Japan株式会社が、オープン型宅配便ロッカー事業を開始。

2016年８月

マレーシアを本拠地とするクロスボーダー陸上幹線輸送会社であるOTLグループ３社の株式取得およびベトナム事業取得に合意。

2020年４月

ヤマトリース株式会社の発行済株式数の60％を芙蓉総合リース株式会社に譲渡。

2020年６月

ＥＣ事業者向け新配送商品「ＥＡＺＹ（イージー）」を開始。

2021年４月

ヤマトロジスティクス株式会社、ヤマトフィナンシャル株式会社を含む７社をヤマト運輸株式会社に吸収合併および吸収分割。

2021年９月

ヤマトマネージメントサービス株式会社をヤマト運輸株式会社に統合。

2022年４月

東京証券取引所の市場区分の見直しにより、東京証券取引所の市場第一部からプライム市場に移行。

2023年９月

ヤマト・スタッフ・サプライ株式会社の発行済株式数の51％を株式会社ワールドスタッフィングに譲渡。

2023年10月

日本郵政グループとの協業により「クロネコゆうパケット」のサービスを開始。

2024年１月

「クロネコＤＭ便」のサービスを廃止。

2024年２月

日本郵政グループとの協業により「クロネコゆうメール」のサービスを開始。

2024年５月

共同輸配送のオープンプラットフォームを提供するSustainable Shared Transport（サステナブル シェアード トランスポート）株式会社を設立。

2024年９月

地域創生に向けた取組み強化を目的に、RH株式会社の発行済株式数の48.57％を取得し、ヤマト運輸株式会社がレッドホースコーポレーション株式会社と業務提携。

2024年10月

車両を使用する事業者様向けに「ＥＶライフサイクルサービス」のサービスを開始。

2024年12月

コントラクト・ロジスティクス事業を手掛ける株式会社ナカノ商会の発行済株式数の87.74％を取得し連結子会社化。

運送事業者様向けのオンライン医療サービスを提供する株式会社MY MEDICA（マイメディカ）を設立。

2025年１月

再生可能エネルギー由来電力等を提供するヤマトエナジーマネジメント株式会社を設立。